Struktur Organisasi

1. Unsur pimpinan Sinode dijabat oleh kaum rohaniwan, penatua dan diaken.
2. Yang dimaksud dengan rohaniwan adalah para Pastor dan Guru Injil.
3. Majelis Pengurus Sinode dan Majelis Gereja Lokal terdiri atas unsur rohaniwan, penatua, dan diaken. Ketua Majelis Gereja Lokal (MGL) adalah Gembala Gereja Lokal (GGL).
4. Majelis Pengurus Sinode dalam melaksanakan tugas dan wewenangnya diawasi oleh seluruh komponen Sinode, khususnya oleh Badan Penasihat (BP) berkaitan dengan hal-hal etis.

Majelis Pengurus Sinode

1. Kepemimpinan eksekutif Gereja Presbyterian Evangelikal Indonesia dipimpin oleh Majelis Pengurus Sinode (MPS), yang terdiri atas:
   • Ketua Umum
   • Wakil Ketua Umum
   • Sekretaris Umum
   • Wakil Sekretaris Umum 1
   • Wakil Sekretaris Umum 2
   • Bendahara Umum
   • Wakil Bendahara Umum 1
   • Wakil Bendahara Umum 2
2. MPS dalam melaksanakan otoritas dan tanggung jawabnya akan dibantu dan diawasi oleh seluruh komponen Sinode dan Badan Penasihat (BP). Representasi MPS yang ada di daerah disebut Majelis Pengurus Daerah (MPD).
3. MPS merupakan pemegang otoritas eksekutif tertinggi yang mengendalikan dan mengoperasionalkan seluruh komponen Sinode dalam rangka menjalankan visi, misi, tujuan, Tata Gereja/Tata Laksana dan program kerja Sinode.
4. MPS di dalam melaksanakan fungsinya senantiasa memperhatikan dan menaati peraturan yang ada terutama Tata Gereja/Tata Laksana.
5. MPS dijabat oleh pribadi-pribadi yang mampu memahami, menghayati dan menjalankan visi, misi, tujuan, Tata Gereja/Tata Laksana dan program kerja Sinode GPEI.
6. MPS terdiri atas pribadi-pribadi yang memiliki kemampuan manajemen dan kehidupan rohani yang baik sesuai dengan kualifikasi seorang penatua seperti yang tercatat di dalam Kitab Suci.

Badan Penasihat

1. Badan Penasihat yang selanjutnya disebut BP, merupakan kumpulan rohaniwan yang dituakan secara rohani maupun pengalaman pelayanan yang nasihat dan arahannya diperlukan dalam rangka menjaga gerak langkah Sinode supaya tetap sesuai dengan visi dan misi Sinode.
2. BP mula-mula merupakan para rohaniwan yang turut serta dalam pendirian Sinode GPEI yang selanjutnya dikenal sebagai para pendiri Sinode GPEI.
3. BP pada periode berikutnya diisi oleh para gembala dan rohaniwan senior dan mantan anggota MPS yang dihormati kerohanian dan kepemimpinannya.
4. BP berfungsi untuk memberikan arahan etis kepada anggota MPS dalam rangka menciptakan kinerja Sinode yang optimal sesuai dengan visi dan misi Sinode.
5. BP berfungsi sebagai penerima mandat pendisiplinan anggota MPS di luar jabatan Ketua Sinode sesuai dengan SK Rapat Sinode yang berkaitan dengan etika pelayanan.
6. BP bertugas sebagai penerima mandat pendisiplinan Ketua Sinode yang melakukan pelanggaran sesuai dengan hasil Sidang Raya Luar Biasa berkaitan dengan proses pembinaan rohani terhadap Ketua Sinode yang melakukan pelanggaran etika. Berkaitan dengan kelangsungan kedudukan Ketua Sinode yang melakukan pelanggaran diputuskan dalam Sidang Raya Luar Biasa.